隨著我國水産養殖集約化的蓬勃發展，養殖水環境污染日益嚴重，由於環境惡化造成的水産動物疾病或由此引發的傳染性疾病大量劇增，已成爲制約水産養殖業健康發展的主要障礙。利用有益微生物在水體吸收氨氮、亞硝酸氮及硫化氫等，有效分解大分子有機物，同時抑制致病菌的大量繁殖，這是一種治本的環境處理方法，也是推行綠色養殖的最佳措施。
1、光合細菌
①該菌的活菌形態微細、比重小，若採用直接潑灑養殖水體的方法，其活菌不易沈降到池塘底部，無法起到良好的改善底環境的效果，因此建議全池潑灑光合細菌時，儘量將其與沸石粉合劑應用，這樣既能將活菌迅速沈降到底部，同時沸石也可起到吸附氨的效果。
②適時使用，使用光合細菌的適宜水溫爲15℃－40℃，最適水溫爲28℃－36℃，因而宜掌握在水溫20℃以上時使用。注意陰雨天勿用。
③與有機肥或無機肥混合應用光合細菌效果明顯，並可防止藻類老化造成水質變壞。
④視水質實際狀況決定應用方法，水肥時施用光合細菌可促進有機污染物的轉化，避免有害物質積累，改善水體環境和培育天然餌料，保證水體溶氧；水瘦時應首先施肥再使用光合細菌，這樣有利於保持光合細菌在水體中的活力和繁殖優勢，降低使用成本。此外，酸性水體不利於光合細菌的生長，應先施用生石灰，間隔3－4天後，調節pH值後再使用光合細菌。
⑤避免與消毒殺菌劑混合使用，因爲作爲活菌，藥物對它有殺滅作用，水體使用消毒後須經5天後方可使用，使光合細菌在水體中産生優勢競爭性，抑制有害菌生長。
⑥光合細菌質量的簡單辨別方法：稱取食用果綠色素0.1克，溶於100毫升自來水中，配成深綠色的鑒別色素溶液，取待測的樣品10－20毫升裝於乾淨、透明的玻璃管中，滴2滴鑒別綠色素溶液於裝有待測樣品的玻璃管中，觀察其顔色的反應，若樣品爲優質光合細菌産品，綠色素溶液則會與紅色光合細菌分層，上層綠色爲綠色素溶液，下層紅色爲光合細菌液，搖動之後稍微放置，分層仍是存在，滴加的鑒別綠色素溶液越多，綠色層所占的比例越多，最後，整玻璃管都爲綠色，若爲假光合細菌或劣質産品，可見滴加的鑒別綠色素溶液會溶於紅色産品中，綠色溶液與紅色溶液不會分層，輕輕搖動後，兩者顔色會混勻，樣品的紅色加深，紅中帶有點紫，滴加的綠色色素溶液越多，顔色就會逐漸加深爲紫黑色。
2、芽孢桿菌
①該菌爲好氣性細菌，當養殖水體溶解氧高時，其繁殖速度加快，分解大分子有機物的效率提高，因此在潑灑該菌的同時，須儘量同時開動增氧機，以使其在水體繁殖迅速形成種群優勢。
②由於芽孢桿菌系化能異養菌，因此當養殖水體底質環境惡化，藻相不佳時，應儘快應用芽孢桿菌，其可迅速利用大分子有機物質，同時能將有機物質礦化生成無機鹽爲單細胞藻類提供營養，單細胞藻類的光合作用又爲有機物的氧化、微生物的呼吸、水産動物的呼吸提供氧氣。循此往復，構成一個良性的生態迴圈，使池塘內的菌相和藻相達到平衡，維持穩定水色，營造良好的底質環境。
③使用芽孢桿菌前活化工作爲必須的措施，活化方法通常爲採用本池水加上少量的紅糖或蜂蜜，浸泡4－5小時後即可潑灑，這樣可最大程度提高芽孢桿菌的使用效率。
④作爲有益微生物，芽孢桿菌同樣要避免與消毒劑同時應用池塘，以免喪失效價。
3、硝化細菌
①由於硝化細菌的生物特性與其他活菌不同，使用時不需要經過活化處理，不需用葡萄糖、紅糖等來擴大培養，反之則會使硝化細菌失活，因此使用時只需簡單的用池塘水溶解潑灑即可。
②硝化細菌的特性是繁殖速度較慢，20多小時才能繁殖一代，不象芽孢桿菌2分鐘繁殖一代，所以投放硝化細菌後，一般情況需4－5天後才可見明顯效果，因此提前投放時間應是解決這個矛盾的好方法，同時爲了更好地提高硝化細菌作用效率，在實際應用中若芽孢桿菌或光合細菌與其一起應用的話，硝化細菌應提前數日運用，避免繁殖速度快的活菌競爭空間。
③硝化細菌不可與化學增氧劑如過碳酸鈉或過氧化鈣，因爲這些物質在水體中分解的出氧化性較強的氧原子，會殺死硝化細菌，所以最好錯開1天後使用。
④由於硝化細菌是附著在無機物上，在高位池中採用的中間排汙，會排走大量的硝化細菌；特別是剛投放的前幾天，硝化細菌的繁殖尚未進入高峰期，這時排汙會使硝化細菌作用不明顯。因此在高位池中，最好在使用硝化細菌後4－5天內基本不排水或少排水。在投放硝化細菌時，如結合質量較好的沸石粉同時潑灑，使之快速沈於水底而不易被排走。則效果更佳。
⑤養殖池塘的酸鹼度及溶解氧與硝化細菌的使用效果有較大的關係，硝化細菌對pH值的適應範圍爲5－10，但在低於7或高於8.5的水體中硝化細菌的繁殖會受到一定的影響，最適宜範圍爲7.8－8.2，同時硝化細菌在將氨氮轉變成亞硝酸鹽進而轉變成硝酸鹽的過程，是一個耗氧過程，但其是微需氧，在其轉變過程中所需要的溶氧很少，在使用硝化細菌的水體中，溶氧只要不低於2毫克／升即可。
⑥純化硝化細菌，其保存及包裝工藝是決定其使用效率及保存期限的關鍵，因此其載體須使用200－300目以上的特殊物質，且其水分含量要低於5％，並需採用無氧包裝，只有這樣才能確保實際應用效果。
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